Die Stiftung Mercator fördert Projekte in den Bereichen Wissenschaft, Bildung und Internationale Verständigung. Sie kombiniert dabei gesellschaftspolitische Ziele mit praktischer Arbeit.
Unter anderem unterstützt sie die Wettbewerbe »Jugend debattiert« und »freestyle-physics« sowie weitere Projekte wie etwa Kulturagenten für kreative Schulen.
Die Stiftung fördert keine Einzelstipendien außerhalb der stiftungseigenen Stipendienprogramme.
Die Stiftung wird vom Deutschen Stiftungszentrum des Stifterverbandes verwaltet.