Das IPN ist eine eine außeruniversitäre Forschungseinrichtung und gliedert sich in die sechs Fachabteilungen Erziehungswissenschaft und Pädgagogische Psychologie, Pädagogisch-Psychologische Methodenlehre, Biologie-, Chemie-, Physik- und Mathematikdidaktik. Die aktuellen wissenschaftlichen Fragestellungen und Projekte werden interdisziplinär in Teams aus Expertinnen und Experten der Mathematik, Naturwissenschaften, Fachdidaktiken, Pädagogik und Psychologie bearbeitet.
Wichtige Arbeitsbereiche des Instituts sind Talentförderung und Wettbewerbe.