Das Kniffelix-Projekt verfolgt das Ziel, junge Menschen für Naturwissenschaften und Technik zu begeistern und zum Experimentieren zu animieren. Im Rahmen von Geschichten soll gezeigt werden, dass unser Alltag voller Phänomene ist, denen man ganz einfach auf den Grund gehen kann. Kinder und Jugendliche sollen dazu angeregt werden, Alltagsbeobachtungen zu hinterfragen und ihre Hintergründe aufzudecken. Über kurze Videos, Versuche und Quizze durchläuft man die einzelnen Rätsel. Durch das Blog-Format der Webseite können Nutzer Beiträge der Kniffelix-Redaktion kommentieren und somit auch ihre eigenen Erfahrungen in der Community teilen.
Neben der Begeisterung für die Naturwissenschaften und Technik, soll auch das Interesse an Berufen in diesen Bereichen geweckt werden. Auch hierzu gibt es kurze Videos. Es werden Materialien für Experimentierstunden bereitgestellt, die nicht nur Pädagogen motivieren sollen, mehr mit Kindern zu experimentieren.