Die Schule An der Isebek hat am Modellprojekt »Schmetterlingsschulen« teilgenommen, das von 2010 bis 2012 durchgeführt wurde. Unter Anleitung der Beratungsstelle besondere Begabungen (BbB) am Landesinstitut für Qualifizierung und Qualitätsentwicklung in Schulen (LI) haben die beteiligten Grundschulen schulinterne Konzepte zur Begabungs- und Begabtenförderung entwickelt und erprobt.
Für talentierte Schülerinnen und Schüler bietet die Schule An der Isebek Enrichmentkurse an, in denen die Kinder ihren Begabungen entsprechend gefördert werden. Außerdem gibt es für die Jahrgänge 3 und 4 einen Mathezirkel.
